Pondok pesantren miftahul huda berdiri pada tahun 1975 oleh kyai irsyad berada di sebelah selatan masjid sirojudin berupa 2 bangunan rumah panggung

Pada tahun 1980 PP Assalafi Miftahul Huda pindah/berubah menjadi nama ponpes utsmaniyah karena pada tahun tersebut KH. Masduri putra dari K. irsyad ingin mengalap barokah dari gurunya yaitu hadlrotus Syaikh Romo Kyai Muhammad Utsman al Ishaqi ra (ayah hadlrotus syaikh KH. Ahmad Asrori al Ishaqy ra).

Dengan perkembangan thoriqoh qodiriyah wa naqsabandiyah, banyak masyarakat ngroto pada khususnya belum mengerti atas keberadaan thoriqoh tersebut , maka pada tahun 1980 KH. Masduri mendirikan zawiyah untuk tawajuhah para jamaah thoriqoh masa itu.

Pada tahun 1984 KH. Munir Abdullah telah kundur (pulang) dari ponpes Darur Ubudiyah Roudhotul Muta’alimin yg di asuh oleh hadlrotus Syaikh Romo KH. Muhammad Utsman al Ishaqi ra.

Pada tahun 1990 pondok yg keberadaan di selatan masjid di pindah 1 panggung di utara masjid yang di asuh oleh KH. Masduri dan 1 panggung di utara makam simbah Abdurrahman Ganjur yg di asuh oleh KH. Munir abdullah dikarenakan tanahnya terkikis oleh arus sungai Tuntang yang selalu bertambah melebar tiap tahunnya sehingga menjadikan tanah sekitar pondok longsor.

Pada tahun 1990 – 2002 santri berjumlah 40 orang pada tiap tahunnya dan mayoritas santri tersebut adalah masyarakat kampung ngroto sendiri.

Dan pada tahun 2008 KH. Masduri wafat dan yayasan utsmaniyah diserahkan kepada putranya yaitu KH. Fathul Rosyad dan barulah pada tahun tersebut KH. Munir Abdullah memulai mendirikan / menghidupkan lagi pondok pesantren Assalafi Miftahul Huda dan secara infrastruktur dan logistik banyak perkembangan di dalamnya baik dalam segi bangunan dan bertambahnya santri yg datang dari luar daerah.